Для создания и функционирования ИПД должен быть создан определенный организационный механизм. В частности, предполагается организовать правительственную  комиссию по пространственным данным, главной функцией которой должно быть обеспечение эффективного межведомственного взаимодействия, без которого работа ИПД невозможна.    Кроме этого, по каждому виду базовых пространственных данных должны быть определены органы исполнительной власти и организации, обеспечивающие их накопление, обработку, хранение и предоставление.    На первом этапе, основой формирования информационных ресурсов ИПД Российской Федерации является федеральный картографо-геодезический фонд, находящийся в ведении Росреестра.